醫院的污水，除一般生活污水外，還含有化學物質、放射性廢水和病原體。
1.分類廢水所使用藥劑為了減低成本都是有很強針對性。從而造成各分類廢水處理良好，綜合水還是處理不達標。
2.為水質清澈和降低成本使用大量石灰。但是卻產生大量污泥，往往廢水處理成本中30%---40%是處理污泥所產生。
3.來水PH值變化大，反應池PH控制不穩定。PH不穩定造成沉淀池渾濁。出水水質也跟著不穩定，時好時壞。
4.水處理人員責任心不強，操作不夠細心，不注重細節。比如:來水有問題，不及時停機進行應急處理。各種儀表、探頭不經常校正清洗。配制藥品濃度不按工藝要求配制，為了省事，私自把濃度提高。
5.表面處理行業的產品進行表面處理前，必須先經過大量的前處理，這其中使用的除油粉里含有乳化劑，而大量的乳化劑不但影響COD的含量，而且影響沉淀池的礬花絮凝，成泥不理想，致使沉淀不好，大量懸浮物跟隨上層清水流出沉淀池，在PH回調的時候重新溶解進水里，結果造成排放口重金屬離子超標。